Le microbiote est devenu un sujet majeur de santé. En effet, cet organe invisible, centre d’une multitude d’études scientifiques, influence la digestion, mais pas seulement ! Il a également un lien sur l’immunité, le métabolisme et le cerveau. Parmi les nombreuses approches du microbiote, certaines s'appuient principalement sur les données de la recherche académique, tandis que d'autres, comme celle développée par le gastro-entérologue Jean-Pierre Donatini, proposent une lecture plus fonctionnelle des déséquilibres intestinaux. Le sujet étant aussi vaste que les études menées, les experts KINÉSOINS ont décidé d’aborder ce sujet en une série d'articles. La saison 1 est lancée !
Qu'est-ce que le microbiote intestinal ?
Définition
Pendant longtemps, on parlait simplement de « flore intestinale ». Aujourd'hui, le terme microbiote intestinal est préféré, car il décrit beaucoup mieux la richesse de cet écosystème. Le microbiote correspond à l'ensemble des micro-organismes vivant naturellement dans notre tube digestif. Cet univers microscopique est extraordinairement riche. Il est composé principalement de bactéries, mais aussi de levures, de champignons microscopiques, de virus (appelés bactériophages lorsqu'ils infectent les bactéries) ainsi que d'archées, une famille de micro-organismes encore peu connue du grand public. On estime qu'il rassemble plusieurs dizaines de milliers de milliards de micro-organismes appartenant à plusieurs centaines d'espèces différentes. 1,2
Chaque individu possède un microbiote qui lui est propre. Même deux jumeaux génétiquement identiques présentent des différences dans la composition de leur microbiote, conséquence de leur alimentation, de leur environnement, de leur mode de vie ou encore des médicaments qu'ils ont reçus au cours de leur existence. Chacun de nous possède ainsi une véritable « empreinte microbienne » unique, comparable à une empreinte digitale.
Néanmoins, il faut distinguer le microbiote du terme microbiome. Ce dernier désigne l’ensemble des gènes portés par ces micro-organismes (structurels microbiens, internes et externes) et leur habitat dans un environnement spécifique. Il englobe donc à la fois ces microbes, leurs gènes et leur milieu de vie. Ainsi, le microbiome représente le “théâtre d'activité” du microbiote. 3,4,5 L'intestin humain abrite davantage de cellules microbiennes que de cellules humaines. Bien qu’il soit invisible à l'œil nu, ceci explique pourquoi certains chercheurs considèrent aujourd'hui le microbiote comme un véritable organe à part entière.
Comment se construit le microbiote ?
Contrairement à ce que l'on pourrait croire, nous ne naissons pas avec un microbiote totalement constitué. En effet, les premières colonisations bactériennes commencent à se constituer dès les premiers jours de vie, avant même la naissance. Le mode d'accouchement influence fortement les premières espèces qui colonisent le tube digestif. Ainsi, lors d'un accouchement par voie basse, le nouveau-né est principalement exposé au microbiote vaginal et intestinal de sa mère, tandis qu'une naissance par césarienne favorise une colonisation différente, davantage influencée par l'environnement hospitalier6.
L'alimentation joue également un rôle majeur. Celle reçue de la mère via le fœtus et par la suite via le lait maternel. Ce dernier contient naturellement des prébiotiques — des sucres complexes appelés oligosaccharides — qui nourrissent sélectivement certaines bactéries bénéfiques, notamment les bifidobactéries7. Au cours de l'enfance, l’allaitement maternel permet alors que le microbiote gagne progressivement en diversité.
Au fil des années, de nombreux facteurs continuent à façonner cet équilibre à savoir :
• l'alimentation ;
• l'activité physique ;
• le stress ;
• l'environnement ;
• les médicaments, notamment les antibiotiques ;
• les infections digestives.
Vers l'âge de trois ans, il atteint une composition relativement stable, même s'il continue d'évoluer tout au long de la vie. Chez les personnes âgées, la diversité bactérienne tend souvent à diminuer, ce qui pourrait contribuer à la fragilité liée au vieillissement.8
Les fonctions essentielles du microbiote
Le microbiote est tel un chef d'orchestre pour tout l'organisme. Ses fonctions sont diverses, et les scientifiques lui découvrent régulièrement de nouvelles fonctions. Nous pouvons citer par exemple :
• Digestion et assimilation des nutriments. Certaines fibres alimentaires ne peuvent pas être digérées par notre organisme. Ce sont les bactéries intestinales qui les fermentent afin de produire des acides gras à chaîne courte, notamment le butyrate. Ces dernières molécules nourrissent directement les cellules intestinales et participent alors au maintien de la barrière digestive.9
• Protection contre les agents pathogènes. Les bonnes bactéries occupent en majorité le terrain. En limitant ainsi la place disponible et en produisant certaines substances antimicrobiennes, elles empêchent naturellement l'installation de nombreuses bactéries pathogènes. On parle d'effet barrière.10
• L'intestin constitue l'un des principaux sites d'activité immunitaire de l'organisme : une part importante des cellules immunitaires est associée aux tissus lymphoïdes de la muqueuse digestive. Le microbiote intestinal participe activement à la maturation et à la régulation du système immunitaire, notamment en modulant l'activité des cellules immunitaires et la production de médiateurs inflammatoires. Ces interactions contribuent au maintien de la tolérance immunitaire, c'est-à-dire à la capacité de l'organisme à répondre efficacement aux agents pathogènes tout en évitant une réaction excessive contre les composants alimentaires, les micro-organismes commensaux ou ses propres tissus. Une altération de ces interactions entre microbiote, barrière intestinale et système immunitaire est aujourd'hui associée à différents états inflammatoires et fait l'objet de nombreuses recherches dans les maladies allergiques, inflammatoires et auto-immunes11.
• Influence sur le cerveau. L'intestin est souvent surnommé notre « deuxième cerveau ». Cette expression reflète l'existence d’un axe intestin-cerveau. Cet axe ainsi surnommé est un système complexe de communication faisant intervenir le nerf vague, le système immunitaire et différentes molécules produites par les bactéries intestinales.
Cette découverte ouvre des perspectives considérables. De nombreux travaux explorent aujourd'hui les liens étroits ainsi que le rôle du microbiote dans le stress, l'anxiété, la dépression ainsi que dans certaines maladies neurodégénératives comme la maladie de Parkinson ou la maladie d'Alzheimer12.
• Production de métabolites utiles à l'organisme. Le microbiote participe également à la synthèse de plusieurs vitamines, notamment la vitamine K et certaines vitamines du groupe B. Il intervient aussi dans la transformation des acides biliaires, la production de neurotransmetteurs et de nombreuses molécules de signalisation qui circulent ensuite dans tout l'organisme.
Le microbiote au cœur de l'approche « One Health »
Notre microbiote ne se construit pas en vase clos. Il est en interaction permanente avec les micro-organismes présents dans notre alimentation, les animaux avec lesquels nous vivons et, plus largement, notre environnement. Cette vision rejoint le concept One Health (« Une seule santé »), selon lequel la santé humaine est indissociable de celle des animaux, des végétaux et des écosystèmes.
Les microbiotes constituent justement l'un des fils invisibles reliant ces différents univers. Les sols, par exemple, abritent une immense diversité microbienne qui contribue à la santé des végétaux et influence indirectement les micro-organismes auxquels nous sommes exposés par notre alimentation. De la même manière, le contact avec les animaux et les environnements riches en biodiversité participe à notre exposition à une grande variété de micro-organismes.13
Les chercheurs parlent ainsi de plus en plus d'une véritable continuité entre les microbiomes du sol, des plantes, des animaux et de l'être humain. Pollution, urbanisation, appauvrissement de la biodiversité, pratiques agricoles ou encore utilisation des antibiotiques peuvent modifier ces écosystèmes microbiens à plusieurs niveaux.14
Préserver son microbiote ne consiste donc peut-être pas seulement à s'intéresser au contenu de son assiette : cela revient aussi à considérer l'environnement dans lequel cette alimentation est produite et celui dans lequel nous vivons. Une perspective particulièrement intéressante, qui fait de notre intestin non pas un système isolé, mais une véritable interface entre notre organisme et le monde qui nous entoure.
La dysbiose : quand le microbiote se dérègle
Définition de la dysbiose
Le microbiote est un écosystème dynamique dont l'équilibre repose sur une grande diversité d'espèces vivant en interaction permanente. Lorsque cette harmonie se rompt, les spécialistes parlent de dysbiose.
Contrairement à une idée reçue, la dysbiose ne correspond pas simplement à un manque de « bonnes bactéries ». Elle désigne un ensemble de modifications complexes pouvant associer :
- une diminution de la diversité microbienne
- une perte d'espèces protectrices
- la prolifération excessive de certains micro-organismes opportunistes.15
Pour imager ceci, on peut comparer le microbiote à une forêt : dans une forêt riche et diversifiée, chaque espèce contribue à maintenir un équilibre naturel. Si certaines disparaissent ou deviennent dominantes, tout l'écosystème s'appauvrit et devient plus fragile face aux agressions extérieures. Il en va de même pour notre intestin.
Pour Jean-Pierre Donatini, médecin gastro-entérologue, ces déséquilibres favorisent des fermentations intestinales anormales qui perturbent progressivement le fonctionnement de nombreux organes. Son approche clinique met notamment l'accent sur l'excès de certaines levures, comme Candida, et sur leurs interactions avec les bactéries intestinales. Si plusieurs de ses observations sont issues de son expérience clinique, elles ne font pas aujourd'hui l'objet d'un consensus scientifique complet et nécessitent encore des études de haut niveau pour être pleinement validées16,17.
Les causes principales : pourquoi notre microbiote se dérègle-t-il ?
Notre mode de vie moderne expose quotidiennement notre microbiote à de nombreux facteurs de déséquilibre. Parmi les principaux responsables figurent :
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