• une alimentation riche en produits ultra-transformés et une consommation insuffisante de fibres. L'alimentation occidentale, souvent pauvre en fibres mais riche en sucres rapides, graisses de mauvaise qualité et aliments ultra-transformés, réduit progressivement la diversité bactérienne.18
• les traitements antibiotiques répétés. Les antibiotiques représentent un autre facteur majeur. Bien qu’indispensables dans le traitement de nombreuses infections bactériennes, ils éliminent également une partie des bactéries bénéfiques. Chez certaines personnes, le microbiote retrouve rapidement son équilibre ; chez d'autres, certaines espèces peuvent mettre plusieurs mois, voire plusieurs années, à se reconstituer19.
• Certains médicaments comme les inhibiteurs de la pompe à protons ou les anti-inflammatoires, la metformine … peuvent modifier la composition du microbiote.
• le stress chronique. Le stress ou l’anxiété, sur le long terme, modifient également les échanges entre le cerveau et l'intestin. En perturbant la motricité digestive, les sécrétions hormonales et les réponses immunitaires, ils favorisent eux aussi l'apparition d'une dysbiose.
• le manque de sommeil ;
• les infections digestives ;
• Certaines pollutions environnementales peuvent également fragiliser cet équilibre.
Pris isolément, chacun de ces facteurs peut sembler anodin. Leur accumulation au fil des années contribue cependant à fragiliser progressivement notre écosystème intestinal.
Les signes évocateurs d’une dysbiose
La dysbiose ne provoque pas de symptômes spécifiques. Ses manifestations sont souvent progressives et variables d'une personne à l'autre. Voici les signes les plus fréquemment retrouvés et qui vous permettent de la reconnaître :
• des ballonnements récurrents ;
• une production excessive de gaz ;
• une sensation de ventre gonflé après les repas ;
• des troubles du transit (constipation, diarrhée ou alternance des deux) ;
• un inconfort digestif chronique ;
• une fatigue persistante ;
• une impression de moins bien tolérer certains aliments.
Ces symptômes ne suffisent toutefois pas à poser un diagnostic. Ils peuvent également être observés dans d'autres maladies digestives, qui nécessitent une prise en charge médicale spécifique. Ils nécessitent donc toujours un avis médical afin d'écarter d'autres pathologies digestives. Le microbiote reste un domaine de recherche en pleine évolution, et il n'existe pas aujourd'hui de test unique permettant de caractériser avec certitude toutes les formes de dysbiose.
Des probiotiques... aux bactéries "médicaments"
Comprendre le microbiote est une première étape essentielle. Mais faut-il systématiquement prendre des probiotiques pour le rééquilibrer ? Toutes les souches sont-elles bénéfiques ? Peut-on parfois aggraver certains déséquilibres ? C'est ce que nous verrons dans le prochain article consacré aux probiotiques.
Pour aller plus loin …
Les conseils des experts
Que vous ressentiez les manifestations évocatrices ou bien que vous souhaitiez prévenir la dysbiose, suivez ces quelques conseils au quotidien. En effet, le maintien d'un microbiote équilibré repose avant tout sur une bonne hygiène de vie :
• privilégier une alimentation riche en fibres, fruits et légumes
• pratiquer une activité physique régulière
• limiter les aliments ultra-transformés
• gérer le stress grâce à des techniques de relaxation
• préserver un sommeil réparateur.
Nos experts rappellent également que certaines approches naturelles peuvent accompagner cette démarche globale. Les huiles essentielles traditionnellement utilisées pour favoriser le confort digestif (comme l’Huile Essentielle de Menthe poivrée Bio). Diluée dans une huile végétale bio de votre choix, elle s’applique en massage abdominal, dans le sens des aiguilles d’une montre. Comptez environ 10 minutes, après chaque repas, ou en cas d’inconfort. Elles ne remplacent toutefois ni une alimentation équilibrée ni un avis médical lorsque les symptômes persistent.
Place des probiotiques
Face à ces déséquilibres, beaucoup de personnes se tournent spontanément vers les probiotiques. Pourtant, la réalité est plus complexe. Toutes les souches n'ont pas les mêmes propriétés, toutes les situations ne nécessitent pas une supplémentation, et certaines approches, comme celle proposée par le gastro-entérologue Jean-Pierre Donatini, invitent à réfléchir différemment aux fermentations intestinales avant même d'envisager l'utilisation de probiotiques.
C'est précisément ce que nous découvrirons dans le prochain article de cette série, consacré aux fermentations intestinales, au rôle du mycobiote et à l'approche développée par le Pr Donatini.
Dans le prochain article, nous verrons ce que sont réellement les probiotiques, comment ils agissent sur le microbiote et pourquoi toutes les souches n'ont pas les mêmes effets.
1Sender R, Fuchs S, Milo R. Revised Estimates for the Number of Human and Bacteria Cells in the Body. PLoS Biology. 2016;14(8):e1002533. DOI: 10.1371/journal.pbio.1002533
2Lynch SV, Pedersen O. The Human Intestinal Microbiome in Health and Disease. New England Journal of Medicine. 2016;375(24):2369–2379. doi: 10.1056/NEJMra1600266.
3https://fr.moleculardevices.com/applications/microbiome
4https://www.gutmicrobiotaforhealth.com/fr/que-sait-on-de-la-science-du-microbiome/
5https://www.futurelearn.com/info/courses/the-human-microbiome-french/0/steps/375372
6Dominguez-Bello, M. G., Costello, E. K., Contreras, M., Magris, M., Hidalgo, G., Fierer, N., & Knight, R. (2010). Delivery mode shapes the acquisition and structure of the initial microbiota across multiple body habitats in newborns. Proceedings of the National Academy of Sciences, 107(26), 11971–11975. doi.org
7Bäckhed, F., Roswall, J., Peng, Y., Feng, Q., Jia, H., Zhong, H., Wu, Q., Yuan, J., Zhang, H., Sun, J., Ni, J., Karlsson, F., Khan, M. T., Zhou, H., Akrami, R., Tremaroli, V., Bensaada, K., Huang, S., Wang, J., . . . Dahlgren, J. (2015). Dynamics and stabilization of the human gut microbiome during the first year of life. Cell Host & Microbe, 17(5), 690–703. doi.org
8O'Toole, P. W., & Jeffery, I. B. (2015). Gut microbiota and aging. Science, 350(6265), 1214-1215. https://doi.org/10.1126/science.aac8469
9Koh, A., De Vadder, F., Kovatcheva-Datchary, P., & Bäckhed, F. (2016). From dietary fiber to host physiology: Short-chain fatty acids as key bacterial metabolites. Cell, 165(6), 1332-1345. https://doi.org/10.1016/j.cell.2016.05.041
10Kamada, N., Chen, G. Y., Inohara, N., & Núñez, G. (2013). Control of pathogens and pathobionts by the gut microbiota. Nature Immunology, 14(7), 685-690. https://doi.org/10.1038/ni.2608
11Belkaid, Y., & Hand, T. W. (2014). Role of the microbiota in immunity and inflammation. Cell, 157(1), 121–141
12Cryan, J. F., O’Riordan, K. J., Cowan, C. S. M., Sandhu, K. V., Bastiaanssen, T. F. S., Boehme, M., Codagnone, M. G., Cussotto, S., Fulling, C., Golubeva, A. V., Guzzetta, K. E., Jaggar, M., Long-Smith, C. M., Lyte, J. M., Martin, J. A., Molinero-Perez, A., Moloney, G., Morelli, E., Morillas, E., … Dinan, T. G. (2019). The microbiota-gut-brain axis. Physiological Reviews, 99(4), 1877–2013.
13Banerjee, S., & van der Heijden, M. G. A. (2023). Soil microbiomes and one health. Nature Reviews Microbiology, 21(1), 6-20
14van Bruggen, A. H. C., Goss, E. M., Havelaar, A., van Diepeningen, A. D., Finckh, M. R., & Morris, J. G. (2019). One Health – Cycling of diverse microbial communities as a connecting force for soil, plant, animal, human and ecosystem health. Science of the Total Environment, 664, 927-937
15Lynch, S. V., & Pedersen, O. (2016). The human intestinal microbiome in health and disease. New England Journal of Medicine, 375(24), 2369-2379.
16Donatini, B. (2023). Protéger la flore intestinale [Vidéo-conférence]. CEDNI. https://www.cedni.com/fr/blog/medecine-integrative/video-conference-du-docteur-donatini-proteger-la-flore-intestinale.html
17Donatini, B. (2020, 13 janvier). Le point sur notre microbiote, notre écosystème intestinal [Épisode de podcast]. Dans À Écouter. https://podcasts.apple.com/ch/podcast/68-bruno-donatini-le-point-sur-notre-microbiote-notre/id1448632119?i=1000462316849
18Valdes, A. M., Walter, J., Segal, E., & Spector, T. D. (2018). Role of the gut microbiota in nutrition and health. BMJ, 361, k2179
19Dethlefsen, L., & Relman, D. A. (2011). Incomplete recovery and individualized responses of the human distal gut microbiota to repeated antibiotic perturbation. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 108(Suppl. 1), 4554–4561
