Le microbiote intestinal : de l'équilibre digestif aux thérapies du futur - Art.2

Stress, anxiété et humeur

Le stress peut modifier la motricité intestinale, les sécrétions digestives et la perméabilité de la barrière intestinale. Et l'intestin, en parallèle, peut également envoyer des informations vers le cerveau.

Des études explorent ainsi les relations entre certaines compositions du microbiote et l'anxiété, le stress ou la dépression. Cela ne signifie évidemment pas qu'une dépression puisse être réduite à un « mauvais microbiote ». Cela signifie plutôt qu'un nouvel acteur est venu rejoindre un système que l'on savait déjà extrêmement complexe. Et ce dialogue pourrait devenir particulièrement intéressant dans un autre domaine : les maladies neurodégénératives.

Parkinson et Alzheimer

C'est probablement l'un des domaines les plus fascinants de la recherche actuelle sur le microbiome. Des différences de microbiote ont été observées chez des patients atteints de maladie de Parkinson ou de maladie d'Alzheimer. Les chercheurs étudient plusieurs mécanismes possibles : inflammation systémique, perméabilité intestinale, métabolites microbiens, activation du système immunitaire, nerf vague ou encore interactions avec la neuro-inflammation^14,15.

Dans la maladie de Parkinson notamment, l'hypothèse d'interactions très précoces entre intestin et cerveau fait l'objet d'un nombre croissant de travaux. Pour autant, nous ne pouvons pas aujourd'hui affirmer qu'une dysbiose provoque la maladie de Parkinson ou la maladie d'Alzheimer. La majorité des données humaines montrent encore principalement des associations, tandis qu'une grande partie des mécanismes biologiques provient de modèles expérimentaux.

Cette piste ouvre alors une perspective fascinante. Car si certains micro-organismes ou certaines molécules qu'ils produisent participent réellement à des mécanismes pathologiques, pourquoi se contenter de vouloir « rééquilibrer » le microbiote ? Et pourquoi ne pas transformer directement certaines bactéries en outils thérapeutiques ? C'est exactement ce que tente aujourd'hui une nouvelle génération de chercheurs. Grâce à la biologie synthétique, certaines équipes développent désormais des bactéries génétiquement modifiées capables de détecter une anomalie dans l'intestin et de produire localement une molécule thérapeutique. Nous ne parlons alors plus simplement de probiotiques. Nous parlons de véritables bactéries-médicaments. Et c'est précisément là que commence le troisième et dernier volet de notre série d’articles : des probiotiques traditionnels aux micro-organismes de nouvelle génération, comment la recherche tente-t-elle désormais de transformer notre microbiote en outil thérapeutique ?¹⁶

Pour aller plus loin…

Les recherches sur le microbiote progressent extrêmement rapidement. Elles nous obligent cependant à conserver une distinction essentielle entre trois niveaux de connaissance : ce que nous savons, parce que le mécanisme est solidement démontré ; ce que nous observons, lorsqu'une association existe entre un profil microbien et une maladie ; et ce que nous supposons encore, lorsque les mécanismes restent expérimentaux.

L'approche développée par Bruno Donatini a notamment contribué à attirer l'attention sur les fermentations intestinales, le rôle potentiel du mycobiote et l'importance d'une lecture fonctionnelle de l'écosystème digestif.

La recherche actuelle explore elle aussi ces interactions, avec des outils de plus en plus précis : métagénomique, métabolomique, analyse du mycobiome et bientôt bactéries thérapeutiques génétiquement modifiées.

Une chose devient alors évidente : notre microbiote n'est pas simplement une collection de micro-organismes. C'est un écosystème vivant dont l'activité compte probablement autant que sa composition. Et c'est peut-être là que se trouve l'une des clés de la médecine de demain.